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Publication mSystems, MOSAR
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2023
Publication mSystems, MOSAR

Un modèle génomique dynamique d'une bactérie clé de l’écosystème ruminal

Le microbiote du rumen joue un rôle essentiel dans la nutrition des ruminants en dégradant des aliments végétaux et les transformant en source d'énergie et de protéines pour l’animal. Dans le cadre d’une revue collaborative publiée dans mSystems et coordonnée par Rafael Muñoz-Tamayo de l’UMR Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants - MoSAR (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Palaiseau), les auteurs se sont penchés sur la bactérie clé du rumen Fibrobacter succinogenes S85 qui dégrade la cellulose et produit du succinate.

Les fonctions métaboliques de F. succinogenes sont centrales pour l'écosystème du rumen et présentent un intérêt particulier pour plusieurs applications industrielles. Les auteurs de l’étude ont suivi une approche interdisciplinaire qui combine la microbiologie, la biologie computationnelle et la modélisation mathématique pour étudier comment les informations du génome de F. succinogenes peuvent être traduites pour développer des modèles dynamiques prédictifs des processus de fermentation du rumen.

Ce type d’approche peut être appliqué à d'autres microbes du rumen pour produire un modèle de microbiome du rumen qui peut être utilisé pour étudier des stratégies de manipulation microbienne visant à améliorer l'utilisation des aliments et à atténuer les émissions entériques par les ruminants. Ce travail suit des principes de science ouverte : open access, open data, open code, open peer-review.

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Voir aussi

Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Muñoz-Tamayo. Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85. mSystems, Volume 8, issue 3 e01027-22
https://doi.org/10.1128/msystems.01027-22

Date de modification : 02 novembre 2023 | Date de création : 29 juin 2023 | Rédaction : Edition P. Huan