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Détection d'oeufs de parasites par imagerie sans lentilles grand champ assistée par intelligence artificielle

RESUME DU SUJET
Dans la plupart des cycles parasitaires, la phase libre passe par un stade d'œuf, qui est libéré par l'hôte dans l'environnement via une matrice fécale complexe, qui présente des concentrations d'œufs très variables et souvent faibles. La méthode de détection classique repose sur l’observation microscopique de ces œufs, ce qui implique une préparation fastidieuse et longue de l'échantillon pour concentrer les œufs, avec des valeurs de sensibilité très variables. Cette détection est cruciale car une fois dispersés, les œufs contaminent l'environnement et les denrées alimentaires, entraînant des cas de zoonoses parasitaires chez l'homme.
La détection dans les matrices environnementales et alimentaires est encore plus complexe que pour les matières fécales en raison du très faible nombre d'œufs présents : 1 à 10 par échantillon dans la grande majorité des cas. La thèse vise à développer un système d'imagerie sans lentille grand champ, qui permettra de compter et d'identifier des œufs de parasites dans des matrices complexes, tout en augmentant la sensibilité. Cela permettra d'automatiser la détection, ouvrant ainsi des perspectives d'investigation sur un plus grand nombre d’échantillons, pour une meilleure veille sanitaire.
Formation recommandée : biotechnologies; imagerie biomédicale; traitement de l'image
Université / École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé (ED402), Université Paris-Est
Date souhaitée de début de thèse : 01-10-2025

CHERCHEURS A CONTACTER

• Pierre R. MARCOUX, CEA DRT/DTIS (Tel : 04 38 78 15 04, Email : pierre.marcoux@cea.fr)
• GrégoryKARADJIAN, ANSES – LSAn Equipe ParaNEm (Tel : 01 49 77 28 18, Email : gregory.karadjian@anses.fr)

Concours allocations doctorales 2025 de l'école doctorale ABIES

Le concours des allocations doctorales ABIES se déroulera du 2 au 4 juin 2025.Les contrats doctoraux (contrat à durée déterminée - CDD) sont de 36 mois. Le salaire brut mensuel est de 2200 € la 1er année.  Les candidats doivent contacter directement le directeur de thèse porteur du projet qui les intéresse pour obtenir plus d’informations, ainsi que sur la procédure de candidature. Les candidatures doivent être transmises au directeur de thèse avant le 8 mai 2025, pour sélection du candidat à auditionner.

• Interactions du virus bluetongue (genre Orbivirus) avec les cellules dérivées du vecteur Culicoides et le rôle de l’immunité innée du vecteur dans le contrôle de la réplication virale (VIROLOGIE, ATTOUI Houssam)         
• Efficacité des trichloroacétamides contre Bacillus anthracis et ses spores : développement et évaluation d’applications cliniques et vétérinaires dans une Approche One Health (C3M, BOYER Laurent et  Zoonoses bactériennes, PONSART Claire)  
• Effets de l’exposition maternelle à un mélange de contaminants alimentaires sur le développement et la fonction gonadique de la première et deuxième génération (BREED COUTURIER-TARRADE Anne, MANDON-PEPIN Béatrice)
• Apprentissage par processus Gaussiens pour l’analyse intégrative de données multi-omiques et phénomiques (GABI    JAFFREZIC Florence)
• Implication de l’autophagie et de l’interaction N-TAX1BP1 dans la réponse antivirale des macrophages pulmonaires lors de l’infection par le VRS (VIM DESCAMPS Delphyne, GALLOUX Marie)  
• Étude des effets des infections virales respiratoires maternelles associées ou non à un désordre métabolique sur la trajectoire de santé de la descendance (VIM, LE GOFFIC Ronan)

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